Arqueología y Territorio Medieval va ser fundada per l’àrea d'Història Medieval de la Universitat de Jaén el 1993. El primer volum apareix el 1994 amb el suport d'un reduït grup d'investigadors en arqueologia d’Al-Àndalus, encara que des del principi es va proposar donar entrada a tota la recerca relacionada amb la història i l’arqueologia medievals.
Publicació anual, entre els anys 2003 i 2006 va ser una revista semestral, per a tornar el 2007 a ser anual a fi de garantir la qualitat dels textos que s’hi publicaven. A més, en aquest mateix any es van introduir profunds canvis en l'estructura i l’organització de la revista, criteris pels quals es regeix en l'actualitat.