Arqueología y Territorio Medieval fue fundada por el área de Hª Medieval de la Universidad de Jaén en 1993, apareciendo el primer volumen en 1994, con el apoyo de un reducido grupo de investigadores en arqueología de al-Andalus, aunque desde le principio se propuso dar cabida a toda investigación relacionada con la historia y arqueología medievales.
Publicación anual, entre los años 2003 y 2006 fue revista semestral, volviendo en 2007 a ser anual, para garantizar la calidad de los textos que se publicaban. En este mismo año se introdujeron además profundos cambios en la estructura y organización de la revista, criterios por los que se rige en la actualidad.