Arqueología y Territorio Medieval è stata fondata dal Dipartimento di Storia Medievale dell’Università di Jaen (Spagna) nel 1993. Il primo volume è stato pubblicato nel 1994, con il sostegno di un gruppo ristretto di ricercatori nel campo dell'archeologia di Al-Andalus, anche se fin dall’inizio ha avuto come obiettivo ospitare nelle proprie pagine qualsiasi ricerca inerente la storia e l'archeologia medievale.
Nata come pubblicazione annuale, è diventata semestrale nel periodo compreso tra il 2003 e il 2006, tornando alla cadenza annuale nel 2007 per poter garantire la qualità dei testi pubblicati. Nel medesimo anno sono stati introdotti profondi cambiamenti nella struttura e nell'organizzazione della Rivista, criteri che continuano ad essere applicati tuttora.