No tienes ningún problema puesto que si así lo deseas puedes seguir matriculándote de dicha asignatura y finalizar tus estudios conforme al plan de estudios por el que lo iniciastes.
Cuando acabes la carrera podrás solicitar el reconocimiento de dicha titulación en los nuevos estudios de Grado si es que antes no te has "pasado" al nuevo plan de estudios. Que el reconocimiento sea automático o esté sujeto a cursar determinados complementos formativos dependerá de la correspondencia (convalidaciones/adaptaciones) entre ambos planes de estudio. Los nuevos títulos de grado facilitarán el reconocimiento y la homologación de los mismos en el EEES.