Los estudios de Química están presentes en la Universidad de Jaén desde la creación del Colegio Universitario Santo Reino en los años 70 del siglo XX, adscrito a la Universidad de Granada en enero de 1985. Con la creación de la Universidad de Jaén en 1993, se crea el Departamento de Química Física y Analítica en noviembre de ese mismo año, a partir de las Secciones Departamentales de Química y Química Analítica de la Universidad de Granada. Actualmente está compuesto por las Áreas de Química Física y de Química Analítica.

El profesorado del Departamento imparte actualmente docencia en diferentes grados y dobles grados de la Facultad de Ciencias Experimentales, Escuela Politécnica Superior de Jaén y Escuela Politécnica Superior de Linares. Además, participa en la docencia de diferentes Másteres oficiales.