Las funciones fundamentales de este Secretariado son el impulso, la coordinación y evaluación del Sistema de Dirección Estratégica de la Universidad de Jaén. Este sistema está integrado por diferentes planes y herramientas que persiguen que los distintos órganos de gobierno y unidades organizativas trabajen de forma coordinada y alineada para el avance continuo de las misiones fundamentales de la universidad.

El secretariado ha participado en el diagnóstico y elaboración del III Plan Estratégico de la Universidad de Jaén que fue aprobado en diciembre de 2020. Igualmente, ha supervisado la elaboración de los planes directores sectoriales para garantizar su alineamiento con el Plan Estratégico y ha participado en la construcción y puesta en funcionamiento del Cuadro de Mando Institucional.

Otros ámbitos de responsabilidad son: la evaluación de los contratos programa con centros y departamentos; la definición de nuevos modelos de contratos programas internos; el análisis del posicionamiento de la Universidad de Jaén en rankings nacionales e internacionales; y la mejora continua de los procesos claves asociados al funcionamiento del sistema de dirección estratégica de la Universidad de Jaén