El artículo 39.6 del Estatuto Básico del Empleado Público regula que "Las Juntas de Personal (...) elaborarán su propio reglamento de procedimiento, que no podrá contravenir lo dispuesto en el presente Estatuto y legislación de desarrollo (...)".

Con fecha 8 de septiembre de 2016, se aprueba, por el Pleno de la Junta de PDI, de la Universidad de Jaén, la modificación del Reglamento de Régimen Interno, cuyo artículo primero dispone que "La J.P.D.I. es el órgano de representación del personal docente e investigador de la Universidad de Jaén cuyas competencias, organización y funcionamiento se adecuarán a lo dispuesto en el presente reglamento y cuantas disposiciones le sean de aplicación". Dicho reglamento se ha actualizado y adaptado al uso igualitario y no sexista del lenguaje.