Las funciones de esta área son el impulso, la coordinación y la evaluación del Sistema de Dirección Estratégica de la Universidad de Jaén. Este sistema está integrado por diferentes herramientas de gestión que persiguen que los distintos órganos de gobierno y unidades de la Universidad de Jaén trabajen de forma coordinada y alineada para el avance continuo de la Universidad en sus misiones.

A nivel de gestión, el Sistema de Dirección Estratégica engloba herramientas de gestión institucionales, como el sistema integrado de gestión de la calidad de los servicios (SIGC-SUA), y herramientas de gestión de facultades y escuelas, institutos de investigación y departamentos, tales como los contratos programa suscritos con estas unidades y sus sistemas de garantía de calidad.