Jaén remonta sus antecedentes universitarios a la Edad Moderna, con la Universidad de Baeza y a lo largo del siglo XVII, en el breve período en que el Estudio General de Santa Catalina se transformó en Universidad Pontificia.

Antes, en 1368, existió una Escuela de Gramática que además de impartir esta disciplina, lo hacía en Retórica, Lógica y todas las Artes Liberales. Cuando a fines de la Edad Moderna se produjo un significativo enriquecimiento económico, la pujanza de centros urbanos como Úbeda, Baeza, Andújar, Alcalá la Real y el propio Jaén, encuentran en ello y en la coyuntura política, la posibilidad de la concreción de una realidad universitaria. Juan I, en 1382, fundó el Colegio Convento de Santa Catalina Mártir, regentado por la Orden de Santo Domingo.

Por lo tanto, se ubicó en el Convento de Santo Domingo. En él se impartían Artes Liberales y Teología. Una bula papal facultaba al Estudio General del Convento de Santa Catalina para el estudio de las Artes Liberales, la Medicina, la Teología y otras ciencias. En el año 1585 los Agustinos, con la complicidad de algunos miembros del Cabildo Catedralicio y sin permiso del Obispo Sarmiento, intentaron establecer una Universidad de Letras, semejante a la de Baeza, que se había creado en 1538; sin embargo, la fuerte oposición del Obispo y de determinados canónigos, comprometidos con la Universidad de Baeza, hicieron fracasar la Universidad. En 1629, el Papa Urbano VIII, dio una bula que convertía al Estudio General del Convento de Santa Catalina Mártir en Universidad Pontificia, iniciando la de Baeza un pleito que ganó al año siguiente, por lo que Jaén dejó de ser sede universitaria.

La realidad universitaria principal, pues, estuvo en Baeza que, fundada en la fecha antes citada por Rodrigo López, notario, familiar del Papa Paulo III, tuvo desde sus comienzos un apoyo muy activo de la importante población hidalga, de la burguesía judeo-conversa, de la Compañía de Jesús y de la Orden Carmelitana, participando en sus seminarios el propio San Juan de la Cruz. En la conformación de sus estudios existieron, desde el principio, las facultades de Artes y Teología, y, en 1683, se creó la de Cánones. La decadencia de la Universidad de Baeza estuvo íntimamente ligada a los hechos históricos que caracterizaron a la provincia de Jaén hasta fechas recientes, determinando la tendencia a la ruralización que, demográficamente, implica el desmantelamiento de las ciudades; del mismo fenómeno se derivó el absentismo aristocrático que al no encontrar incentivos en las ciudades en crisis, se marchó a la Corte, o a otras grandes ciudades donde invertían o gastaban sus recursos; ello, unido a la decadencia económica, en especial la del sector textil baezano, a los pleitos locales y a la falta de innovación académica hicieron posible el decreto de extinción en 1807 de la Universidad de Baeza y su clausura definitiva en 1824.

A partir de entonces el hilo conductor de las demandas universitarias en Jaén serán los dos centros creados en la capital en 1843: la Escuela Normal y el Instituto de Segunda Enseñanza. También la minería mantuvo sus aspiraciones y la existencia de una burguesía industrial propició en 1892, en Linares, la creación de la Escuela de Minas. Además, en 1911, se crean en Jaén la Escuela Técnica de Grado Medio que emitía títulos de Perito Eléctrico y Mecánico, y, en 1913, la Normal Superior de Maestros. Todos los anteriores muy próximos a la calificación de centros Universitarios pero sin serlo plenamente.
Un nuevo salto cualitativo y cuantitativo se produjo a partir de 1945 al empezar a impartirse los Estudios de Peritaje Mercantil en la Escuela Pericial de Comercio. En 1951 se produjo la reapertura de la Escuela Técnica Pericial de Jaén, cerrada en 1937 a causa de la Guerra Civil; la de Linares se había reabierto en 1939/40 al término de la conflagración. Una segunda Escuela Normal de Magisterio, la "Sagrada Familia", se creó en Úbeda en 1949. En 1954 la Diputación Provincial de Jaén fundó la Escuela de Enfermeras de la Beneficencia Provincial.
En torno a los años setenta, la coyuntura demográfica y un modelo político que favorecía la dispersión universitaria por medio de la fundación de Colegios Universitarios, crearon un ambiente propicio para que el Seminario de Actividades Universitarias organizado en 1969 dentro del Instituto de Estudios Giennenses, recuperara el proyecto universitario de Jaén. En abril de 1970 la Diputación de Jaén habilitó los fondos necesarios para la creación de un Colegio Universitario. Solicitado por aquella entidad en julio de 1971, le fue concedido por el Ministerio de Educación y Ciencia en octubre del mismo año. Sin embargo, hasta noviembre de 1975 no fue adscrito a la Universidad de Granada.
Antes, en 1972, la Escuela de Magisterio se había convertido en Escuela Universitaria del Profesorado de EGB, y la Escuela de Ingeniería Técnica Industrial se transformó en Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial. En 1976 sufrirá igual suerte la Escuela Politécnica de Linares, incorporándose también al grupo de Centros Universitarios de la Provincia de Jaén, uno nuevo de titularidad municipal de la misma ciudad, como fue la Escuela Universitaria de Formación de Profesorado "Antonia López Arista". Por último en 1978 se incorporaron el resto del grupo de Escuelas de Jaén y provincia: la Pericial de Comercio que sería la Escuela Universitaria de Estudios Empresariales, la de Enfermería y la de la "Sagrada Familia" de Úbeda.
En 1982 el Colegio Universitario se integró en la Universidad de Granada, aunque la integración efectiva no se llevó a cabo hasta enero de 1985.
La penúltima etapa del proceso se produjo a partir de 1989. En ese año el Colegio Universitario se descompuso en la Facultad de Humanidades y la de Ciencias Experimentales. En 1990 se creó la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas. En el año anterior la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial de Jaén se transformó en Escuela Politécnica y la Universidad de Granada creó el Campus Universitario de Jaén, donde se adscribieron primero los centros existentes en la ciudad y a partir del curso 92/93 todos los de la Provincia.
La última etapa se inicia a partir de la creación de la Comisión Técnico-Académica del Campus Universitario de Jaén, en mayo de 1992 y la transformación definitiva en Universidad de Jaén, mediante Ley 5/1993 del Parlamento de Andalucía de 1 de julio de 1993, que formalmente inicia su andadura con la constitución de la Comisión Gestora el día 7 de septiembre del mismo año.
Los Estatutos de la Universidad de Jaén, como instrumento normativo para su autogobierno, fueron aprobados por el Claustro Constituyente el día 9 de junio de 1998 y posteriormente por el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, mediante Decreto 277/1998 de 22 de diciembre, publicado en el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía número 8 de 19 de enero de 1999.
Una vez cumplidos todos los requisitos que exige la legislación vigente, la Universidad de Jaén queda totalmente integrada en el Sistema Universitario Español y en disposición de ejercer plenamente la autonomía reconocida por el artículo 27.10 de la Constitución Española de 1978.