El Archivo General de la Universidad de Jaén custodia tanto los fondos generados por la UJA desde su creación en 1993, como los fondos históricos de los centros universitarios que la precedieron.

Algunos de los fondos que gestiona son:

Fondo de la Escuela Normal de Jaén, 1842-1993
Fondo de la Escuela de Comercio, 1945-1977/90
Fondo de la Escuela de Enfermería, 1954-1993
Fondo de la Escuela de Magisterio “López Arista”, 1976-1993
Fondo de la Antigua Escuela de Peritos, 1910-1993
Fondo de la Escuela Industrial de Linares, 1910-1993
Fondo de la Escuela de Minas, 1892-1993
Fondo del Antiguo Colegio Universitario, 1971-1993
Fondo de la Universidad de Jaén, 1993--

Fondo de Cesáreo Rodríguez-Aguilera