Los Órganos de Gobierno de la Universidad de Jaén son: el Claustro Universitario, máximo órgano de representación de la Comunidad Universitaria; el Consejo de Gobierno, que es el órgano de gobierno de la Universidad; el Consejo de Dirección, que asiste al Rector; y el Consejo Social, que es el órgano de participación de la sociedad en la Universidad.