Sistema de control de trazabilidad en el proceso de elaboración de aceite de oliva mediante la identificación de lotes de aceitunas por radiofrecuencia RFID, y procedimiento asociado al mismo; que comprende: un primer y un segundo dispositivo de identificación RFID (1)(9) que incorpora un cuerpo de material dieléctrico (2)(10), una antena (1a)(9a), un circuito integrado (3)(11) alojado en su interior (2)(10) y configurado con un código identificativo asociado a un lote de aceitunas; un primer y un segundo lector RFID (5)(12) configurado para leer el código de dichos dispositivos RFID (1)(9) asociados al lote de aceitunas; un primer electroimán (8) configurado para atrapar dichos dispositivos RFID (1)(9), gracias a la atracción magnética entre dicho electroimán y la antena dipolo (1a)(9a); y una unidad de control configurada para procesar el código identificativo de cada lote de aceitunas facilitado por dichos lectores RFID (5)(12).