Natural de Jaén, Juan Gómez Ortega es Ingeniero Industrial, especialidad Electricidad, por la Universidad de Sevilla (1989). Se doctoró en Ingeniería Industrial en esa misma universidad en 1995. Su trayectoria docente comenzó a finales de 1989 en la Universidad hispalense, donde ocupó diferentes puestos en la Escuela

Superior de Ingenieros Industriales, obteniendo la plaza de profesor titular de Universidad en el año 1997. En 2000, tras un traslado en comisión de servicio, inició su andadura y plena dedicación en la Universidad de Jaén, obteniendo la plaza de catedrático de Ingeniería de Sistemas y Automática en el año 2002.

Durante este período, además de impartir docencia reglada, tanto en la Universidad de Jaén como en la de Sevilla, fue coordinador en distintos másteres y programas de doctorado. Ha coordinado y colaborado en más de una docena proyectos de innovación docente, obteniendo la Mención Honorífica a la Acción de Innovación y Mejora Docente “Modelo de masa simple para simular el sistema de suspensión de la rueda de un coche”, en el curso 2012-2013. Ha participado en el proyecto internacional “European Mechatronics. Vocational Education and Trainning”. Dirigió más de una treintena de proyectos/trabajos final de carrera y, consciente de la importancia de la movilidad del alumnado, fue coordinador Erasmus de siete convenios diferentes. Es responsable del Grupo de Investigación Robótica, Automática y Visión desde su creación en el año 2002. Sus principales líneas de investigación son el control de robots manipuladores, la fusión sensorial, la aplicación de la automática a olivicultura y elaiotecnia, así como la visión por computador aplicada al control de la calidad y automatización. Ha participado en varias decenas de proyectos de I+D+i, de los cuales en 13 ha sido el investigador principal. Además, ha sido responsable de más de 30 proyectos de transferencia de tecnología y es coinventor de 6 patentes. Es autor o coautor de más de 140 de trabajos científicos, entre los que destacan 11 monografías o capítulos de libro, 20 artículos científicos y un centenar de comunicaciones a congresos internacionales y nacionales, habiendo recibido en 3 ocasiones el premio al mejor trabajo del grupo temático en las Jornadas de Automática

En el ámbito de la gestión académica, ha desempeñado puestos de responsabilidad en distintos ámbitos de la Universidad. Ha sido secretario del Departamento de Ingeniería de Sistemas y Automática en la Universidad de Sevilla. En la Universidad de Jaén ha ocupado los puestos de secretario, subdirector y director de la Escuela Politécnica Superior de Jaén. Destaca también su participación activa en diversos órganos colegiados.

Juan Gómez Ortega fue Rector de la Universidad de Jaén desde el 7 de abril de 2015 al 14 de junio de 2023.