Los recursos instrumentales del CICT están estructurados en Áreas y Unidades; las Unidades definen una agrupación de equipamiento con características comunes que a su vez pueden reunirse en Áreas de orientación científica definida. En la terminología que usa el CICT, el término recurso instrumental o recurso científico-técnico representa un equipo o una instalación que se usa para prestar servicios I+D+i.
En la actualidad, el CICT facilita el acceso de investigadores a más de 100 equipos avanzados organizados en 4 Áreas (Análisis y Determinación Estructural, Microscopía, Ciencias de la Vida e Ingeniería y Computación Científica, ésta última aún en proceso de desarrollo e implantación), y en varios “Laboratorios” con instrumentación para Procesamiento de muestras.