Desde 2011, la Universidad de Jaén dispone de un sistema certificado de gestión de la calidad conforme con la norma UNE-EN ISO 9001:2008, dentro de cuyo alcance se encuentran las actividades desarrolladas por el CPEA. En particular, el CPEA presta servicios con su infraestructura científica conforme a 1 proceso clave de este sistema:

- proceso PC08, prestación de servicios de apoyo científico.

De acuerdo con los requisitos de la norma, los procesos se miden y analizan. En este sentido, el CPEA dispone en la actualidad de una nueva batería de indicadores orientados a los usuarios y especialmente enfocados al control de la eficacia de los procesos.