El paso más importante en la preparación de la muestra para proteómica es la transformación de las proteínas en péptidos para su identificación mediante espectrometría de masas.

Hay 2 metodologías de trabajo digestión “in gel”: la digestión se realiza en extractos proteicos concentrados en gel de poliacrilamida y digestión “in solution”: la digestión se realiza en extracto proteico crudo.

El protocolo de trabajo es el siguiente:

1- Reducción de los puentes disulfuro a 60ªC.

2- Alquilación de los residuos de cisteína con iodacetamida.

3- Eliminación del exceso de reactivos.

4- Equilibrado con las soluciones de digestión.

5- Adicción de la enzima de digestión.

6- Elución de los péptidos